El cementerio medieval de San Juan del Hospital de Valencia comienza a funcionar a mediados del siglo XIII tras la conquista de la ciudad en 1238. Es una de las primeras áreas cementeriales que se construyen siguiendo la tipología de cementerio murado con arcosolios perimetrales y capilla funeraria central sobre túmulo.

Las campañas arqueológicas realizadas entre 1997 y 2014 han desvelado múltiples vestigios que han contribuido a conocer la historia del conjunto cementerial.

La catalogación de las piezas de piedra halladas, basada en el análisis geométrico y metrológico partiendo de un riguroso levantamiento de planos, ha permitido llevar a cabo la anastilosis de dos arcosolios adosados a la iglesia, la reparación de los arcosolios de la panda sur y la restitución de piezas faltantes en la capilla funeraria.

Todo el conjunto de la iglesia está considerado como BIC (bien de interés cultural) desde 2007 según Disposición Adicional Quinta de la Ley 5/2007, de 9 de febrero, de la Generalitat, de modificación de la Ley 4/1998, de 11 de junio, del Patrimonio Cultural Valenciano (DOCV Núm. 5.449 / 13/02/2007).